三江源自然保护区生态保护与建设总体规划实施工作是我州当前中心工作之一，为了顺利、稳定推进我州三江源生态保护与建设总体规划实施工作的进行和规范三江源工作的管理，便于与省、县之间各项工作的协调和衔接，以及办公室内部工作的开展，在总结自三江源办公室成立以来运行过程中的经验的基础上，将三江源办公室机构设置为综合科、工程科、规划科三个科室，办公室总人数为15人。其各项职责如下：
    办公室主任：牛龙蛟，职数1名，负责全盘工作；
    办公室副主任：苏维全，职数1名，协助办公室主任开展各项工作；
    综合科：科长冯延山，成员4名。工作职责：负责办公室日常事务，起草各类文件以及各类汇报材料，各类工作组接待、与省、县各项工作衔接，信息、宣传报道等事宜。
    工程科：科长张建财，成员2名。工作职责：负责督促各项工程作业设计、工程招投标、建设质量、进度，进行项目稽查，上报工程进度月报表以及规划的落实情况、信息、宣传报道，对口业务与省、各县、各工作组衔接等事宜；
    规划科：科长索杰，成员2名。工作职责：负责规划的编制审查、上报建设计划下达，各项技能培训，各项计划统计、信息、宣传报道等事宜。
    打字员兼收发一名。工作职责：负责办公室有关文件、表格、信息等材料的打印、校对、处理省、州、县有关来文、寄发本办公室的有关文件、负责办公室文件归档管理工作。
    司机一名，负责本办车辆的管理、维护工作、保证工作用车需要。